Các bó dẫn truyền vận động và cảm giác được mô tả trong tủy sống cũng hiện diện ở thân não , nhưng tại thân não chứng đều ở phía đối diện với cơ quan chúng hoạt hóa | Gồm các nhân lưới và các bó tạo nên một cấu trúc phức tạp và tinh vi với các chức năng khác nhau. Ở hành não và cầu não, các nhân lưới có 1 tầm quan trọng trong việc điều chỉnh hô hấp, nhịp tim và huyết áp. Hệ thống lưới ở phần cao cầu não và trung não có vai trò rất quan trọng trong việc duy trì ý thức (sang thương ở vùng này gây ra hôn mê), và các nhân lưới (ví dụ như hệ thống lưới cạnh đường giữa cầu não: paramedial pontine reticular formation: PPRF) cũng có vai trò trung gian quan trọng trong phối hợp vận động mắt. Một số nhân thân não cung cấp một nguồn lớn các chất dẫn truyền đặc hiệu cho phần lớn hoạt động não : (nhân lục) locus coeruleus ( norepinephrine, raph nuclei (nhân đường giữa) ( serotonin , substantia nigra (chất đen) ( dopamine . Các chất dẫn truyền này có tầm quan trọng trong điều hòa thần kinh. Sự giảm norepinephrine và serotonin ảnh hưởng đến sự thức tỉnh và cảm xúc. Vai trò dopamine đã rõ ràng hơn: bệnh Parkinson đi kèm với sự mất các tế bào sắc tố sinh dopamine ở trong chất đen.
