Vi khuẩn gây bệnh đã tiến hóa và phát triển nhưng cơ chế để sống sót và nhân lên bên trong tế bào vật chủ sau khi xâm nhập. Các tế bào vật chủ có thể chứa đựng vi khuẩn nội bào gồm các tế bào không có chức năng thực bào (như các tế bào biểu mô và tế bào nội mô) và cả thực bào chuyên nghiệp như đại thực bào và bạch cầu trung tính. | Kha nang ky sinh noi bao Vi khuan gay benh da tien hoa va phät trien nhung co che de song sot va nhan len ben trong te bao vat chu sau khi xam nhap. Cac te bao vat chu co the chüa dung vi khuan noi bao gom cac te bao khong co chuc nang thuc bao nhu cac te bao bieu mo va te bao noi mo va ca thuc bao chuyen nghiep nhu dai thuc bao va bach cäu trung tinh. Khả năng sống sót và nhân lên được bên trong các thực bào chuyên nghiệp là điều đáng ngạc nhiên bởi các tế bào được trang bị các vũ khí có sức công phá mạnh mẽ đe tiêu diệt vi khuẩn bị nuốt vào. Các cơ chế tiêu diệt mầm bệnh này bao gồm sự sản xuất các chất trung gian có khả năng ôxy hóa độ pH thấp bên trong các không bào chứa vi khuẩn và sự hoạt hóa các enzyme tiêu hủy protein. Thường có ba nơi đồn trú mà vi khuẩn sử dụng để ẩn nấp bên trong tế bào. Các vị trí này bao gồm . Bên trong các không bào tiêu thể-thực bào thể lysophagosome có khả năng thủy phân và có tính acid . Bên trong các không bào chưa hòa màng với tiêu thể và . Bên trong dịch bào tương. Coxiella burnetti là một ví dụ về khả năng vi khuẩn sống bên trong các môi trường độc của không bào tiêu thể-thực bào thể. Chính độ pH thấp là điều kiện cần thiết để tác nhân này tăng sinh. Các chủng Mycobacterium Salmonella Legionella pneumophila và Chlamydia trachomatis thuộc nhóm cư trú bên trong các không bào chưa hòa màng với tiêu thể. Các không bào bị các vi khuẩn này chiếm cứ .
