Windows 2000 hỗ trợ ba hệ thống file là FAT (File Alocation Table), NTFS (New Technology File System) và EFS (Encrypting File System). FAT: Là một hệ thống lưu trữ file cơ bản nhất. Ưu điểm của hệ thống này là hỗ trợ rất rộng các ứng dụng, nhưng tính bảo mật thấp. NTFS: Là hệ thống phân hoạch file tiên tiến, Hệ thống phân hoạch này có lợi thế là bảo mật được ở mức file và phân chia làm nhiều mức cho phép truy cập vào thư mục và file