Các phần mềm phân tích hình ảnh đóng góp vai trò thiết yếu trong việc khai thác và phân tích dữ liệu hình ảnh trong các thí nghiệm điện di protein 2 chiều. Những phát kiến mới đây trong kỹ thuật phân tích hình ảnh cùng với sự tăng tốc của các thiết bị phần cứng đã cho phép chuẩn hóa những phân tích và có thể ứng dụng ở những thí nghiệm với quy mô lớn.