Cơ quan kiểm tra vệ sinh an toàn thực phẩm là cơ quan được Bộ Thuỷ sản quyết định giao nhiệm vụ tổ chức điều hành Chương trình kiểm soát dư lượng các chất độc hại trong động vật và sản phẩm động vật thủy sản nuôi; trực tiếp thực hiện và kiểm tra việc thực hiện kế hoạch kiểm soát dư lượng trong thủy sản nuôi.