Tài liệu tham khảo chuyên ngành công nghệ sinh học trong bảo vệ thực vật - Phân tích trình tự trong DNA. | Phân tích trình tự DNA Sequencing Phân tích chuỗi Xây dựng cây phả hệ Sequencing (Sanger) - cũ Sequencing (Sanger) - cũ A C G T A C G T A C G T Sequencing (Sanger) - cũ Sequencing (Sanger) - new Bigdye terminator Sequencing với BigDye terminator Sequencing (Sanger) – đọc kết quả Điện di gel Sequencing (Sanger) – đọc kết quả Điện di mao quản Điện di gel Applied Biosystems PRISM 377 (Gel, 34-96 lanes) Điện di mao quản Applied Biosystems PRISM 3700 (Capillary, 96 capillaries) Sequencing (Sanger) – đọc kết quả Sequencing (Sanger) – kết quả Sequencing (Sanger) – kết quả Ví dụ: Sequence gen S9 của rice rugged stunt virus (RRSV) RT-PCR Thôi gel Sequencing 2 chiều Kiểm tra sequence Biên tập sequence Phần mềm biên tập SeqMan (DNASTAR = $$$) DNA Baser (free) Phân tích DNA Tìm kiếm chuỗi trên ngân hàng gen Ngân hàng gen (Genbank) NCBI (National Center for Biotechnology Information) Tìm kiếm chuỗi S9 Cần Thơ Phân tích DNA Căn trình tự đa chuỗi (multiple sequence alignment) Phần mềm ClustalX Căn . | Phân tích trình tự DNA Sequencing Phân tích chuỗi Xây dựng cây phả hệ Sequencing (Sanger) - cũ Sequencing (Sanger) - cũ A C G T A C G T A C G T Sequencing (Sanger) - cũ Sequencing (Sanger) - new Bigdye terminator Sequencing với BigDye terminator Sequencing (Sanger) – đọc kết quả Điện di gel Sequencing (Sanger) – đọc kết quả Điện di mao quản Điện di gel Applied Biosystems PRISM 377 (Gel, 34-96 lanes) Điện di mao quản Applied Biosystems PRISM 3700 (Capillary, 96 capillaries) Sequencing (Sanger) – đọc kết quả Sequencing (Sanger) – kết quả Sequencing (Sanger) – kết quả Ví dụ: Sequence gen S9 của rice rugged stunt virus (RRSV) RT-PCR Thôi gel Sequencing 2 chiều Kiểm tra sequence Biên tập sequence Phần mềm biên tập SeqMan (DNASTAR = $$$) DNA Baser (free) Phân tích DNA Tìm kiếm chuỗi trên ngân hàng gen Ngân hàng gen (Genbank) NCBI (National Center for Biotechnology Information) Tìm kiếm chuỗi S9 Cần Thơ Phân tích DNA Căn trình tự đa chuỗi (multiple sequence alignment) Phần mềm ClustalX Căn trình tự đa chuỗi 16S RNA của 5 vi khuẩn Phân tích DNA Xác định mức đồng nhất nucleotide Phần mềm Bioedit Xác định mức đồng nhất 16S RNA của 5 vi khuẩn Phân tích DNA Xác định khoảng cách di truyền là số thay thế nts trên vị trí A = ? thay thế B = ? thay thế Phải dùng mô hình thay thế Vd: dùng Jukes-Cantor vị trí ( trí) Phân tích DNA Xác định khoảng cách di truyền Tính khoảng cách di truyền của 5 chuỗi 16S RNA của 5 vi khuẩn Phần mềm MEGA Phân tích DNA Xây dựng cây phả hệ Các thuật ngữ - taxa - sister taxa - common ancestor - clade - nodes - branches - root time Các thuật ngữ Taxon A Taxon B Taxon C Taxon E Taxon D Không có ý nghĩa Không có scale => không có ý nghĩa => cladograms Có scale, tỷ lệ với KCDT => có ý nghĩa => phylograms (= additive trees) Có scale, tỷ lệ với thời gian => có ý nghĩa => cây tiến hóa thực (=ultrametric trees) Ý nghĩa các chiều C-B Stewart, NHGRI lecture, 12/5/00 Taxon A Taxon B Taxon C Taxon D 1 1 1 6 3 5 Taxon A Taxon B Taxon C Taxon D Taxon A .
