Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam (KHNNVN) được thành lập theo Quyết định số 220/QĐ-TTg ngày 09 tháng 9 năm 2005 của Thủ tướng chính phủ, trên cơ sở các đơn vị: Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp Việt Nam, Viện Di truyền Nông nghiệp, Viện Thổ nhưỡng Nông hoá, Viện Bảo vệ thực vật, Viện Cây lương thực và Cây thực phẩm, Viện Nghiên cứu Rau quả, Viện nghiên cứu Ngô, Viện Nghiên cứu Chè, Trung tâm Nghiên cứu Dâu tằm tơ TW, Trung tâm Nghiên cứu cà phê Ba Vì. Sau khi sắp xếp lại, Viện có 10 đơn vị nghiên.
