Phần lý thuyết của giáo trình được biên soạn tập trung vào hai phần chính là phần vi sinh vật học đại cương và vi sinh vật nước. | Hình 6. Nguyên tắc về tác nhân gây bệnh của R. Koch. Năm 1882 R. Koch công bố công trình khám phá ra vi trùng gây bệnh lao hình 7e và đặt tên vi trùng này là Mycobacterium tuberculosis. Ngoài ra ông còn tìm ra phương pháp phân lập thuần khiết vi sinh vật trên các môi trường đặc hình 7 a-d và đã phát hiện ra phương pháp nhuộm màu vi sinh vật. Ông được nhận giải Nobel y học vào năm 1905. Học trò của R. Koch là Juliyes Richard Petri 1832-1921 đã phát kiến ra loại hộp lồng làm bằng thuỷ tinh còn gọi là đĩa petri. Nhà khoa học Hà Lan Martinus Bijerinck 1851-1931 là người tìm ra phương pháp nuôi tăng sinh bằng môi trường chọn lọc và là người đầu tiên phân lập nhiều loài vi sinh vật trong đất và nước trong đó có vi khuẩn cố định đạm hiếu khí Azotobacter 1901 vi khuẩn nốt sần Rhizobium 1888 vi khuẩn lên men butilic vi khuẩn phân giải pectin và nhiều nhóm vi khuẩn khác. Nhà khoa học Pháp gốc Nga Sergei Winogradsky 18561953 là người đầu tiên phát hiện ra vi khuẩn sắt 1880 vi khuẩn lưu huỳnh 1887 vi khuẩn nitrat hoá 1890 . 11 a Serratia mơrcesens b khudn lọc chụp gân cúa Serratia mơrcesens c Pseudomonas aeruginosa d shegelia flexneri e Hình 7. a-d mẻ cấy thuần e vi trùng lao Nhà sinh lí thực vật Nga D. Ivanovskii 1864-1920 và M. Bijerinck là những người đầu tiên chứng minh có sự tồn tại của vi sinh vật nhỏ hơn vi khuẩn qua được lọc bằng sứ xốp. Năm 1892 ông chứng minh các sinh vật siêu hiển này gây ra bệnh khảm ở thuốc lá. Các vi sinh vật nhỏ bé này được gọi là virut. Người đầu tiên phát hiện ra chất kháng sinh là bác sĩ người Anh Alexander Fleminh 1881- 1955 . Năm 1928 Ông tách được chủng nấm sinh chất khánh sinh penixilin mở ra một kỉ nguyên mới cho khả năng đẩy lùi nhanh chóng các bệnh nhiễm khuẩn. Hàng loạt các chất khánh sinh quan trọng khác liên tiếp được phát hiện và được ứng ứng dụng vào các năm tiếp theo. 12 Năm 1897 Eduerd Buchner 1860-1917 lần đầu tiên chứng minh được vai trò của enzim trong quá trình lên men rượu. Ông đã nghiền nát tế bào nấm men bằng cát thạch .
