Các nhóm đối tượng chính của của vi sinh vật học có thể chia làm các nhóm sau: * Virus * Archaea * Vi khuẩn * Xạ khuẩn * Vi nấm * Vi tảo | Quy trình xử lý nước thải bằng biện pháp sinh học trong điều kiện kỵ khí là quy trình phân huỷ sinh học yếm khí các hợp chất hữu cơ chứa trong nước thải để tạo thành khí CH4 và các sản phẩm vô cơ kể cả CO2 NH3. Quy trình này có những ưu điểm sau - Nhu cầu về nâng lượng không nhiều. - Ngoài vai trò xử lý nước thải bảo vệ môi trường quy trình còn tạo được nguồn nâng lượng mới là khí sinh học trong đó CH4 chiếm tỷ lệ 70 - 75 . - Cũng như xử lý sinh học hiếu khí ở quy trình này bùn hoạt tính được sử dụng làm tác nhân gây biến đổi thành phần của nước thải. Bùn hoạt tính được sử dụng ở đây có lượng dư thấp có tính ổn định khá cao để duy trì hoạt động của bùn không đòi hỏi cung cấp nhiều chất dinh dưỡng bùn có thể tồn trữ trong thời gian dài. - Về mặt thiết bị Công trình có cấu tạo khá đơn giản có thể làm bằng vật liệu tại chỗ với giá thành không cao. Bên cạnh những ưu điểm trên biện pháp xử lý sinh học yếm khí còn bộc lộ những tồn tại sau Quy trình nhạy cảm với các chất độc hại với sự thay đổi bất thường về tải trọng của công trình vì vậy khi sử dụng cần có sự theo dõi sát sao các yếu tố của môi trường. Xử lý nước thải chưa triệt để nên bước cuối cùng là phải xử lý hiếu khí. Cho tới nay những công trình nghiên cứu xử lý kỵ khí còn ít thiếu những hiểu biết về vi sinh vật tham gia vào quy trình kỵ khí này. Hiện nay biện pháp này hãy còn ở quy mô Pilot có khối tích 6m3 30m3 đến quy mô lớn. Đêh nay trên thế giới đã có trên vài chục nhà máy xử lý nước thải theo kiểu này nhất là ở Hà Lan Hoa Kỳ Thụy Sĩ Cộng hòa liên bang Đức. Các quá trình chuyển hóa chủ yếu trong kỵ khí Quá trình thuỷ phân hydrolysis Muốn hấp thụ được các chất hữu cơ trong nước thải vi sinh vật phải thực hiện các công đoạn chuyển hóa các chất này. Việc đầu tiên là phải thuỷ phân các chất có phân tử lượng cao thành các polymer có phân tử lượng thấp và monomer để có khả nâng hấp thụ qua màng tế bào vi sinh vật. Để thực hiện quá trình thuỷ phân các vi sinh vật phải tiết ra hệ enzyme như proteinase .
