VQG Núi Chúa nằm trong miền Trường Sơn Nam thuộc địa đới Kontum. Với 3 loại đá mẹ đặc trưng là: Andelit, đá Liparit (Riolit) và Granite. Trên cơ sở nền đá mẹ này. Quá trình phong hoá hình thành đất có các loại đất chính như sau: Đất bạc màu trên đá Magma acid và cát; Đất xám nâu vàng bán khô hạn; Đất vàng đỏ trên đá mẹ magma acid