Nếu NPV dương thì dự án đáng giá. Tại sao lại đáng giá, bởi suất chiết khấu đã là chi phí cơ hội của dự án, vì vậy, nếu đã khấu trừ chi phí cơ hội mà vẫn có lời thì dự án có lợi tức kinh tế. Cho nên, khi đánh giá dự án bằng NPV cần quan tâm đến giá trị của suất chiết khấu. | Trước hết nếu xem xét hai chỉ số này trong cùng điều kiện thì tỉ suất hoàn vốn nội bộ và giá trị hiện tại thuần đều cho cùng một kết quả. Tuy nhiên có rất nhiều trường hợp thì IRR lại không hiệu quả bằng NPV trong việc tính toán và chiết khấu dòng tiền. Hạn chế lớn nhất của IRR cũng chính là ưu điểm của nó: chỉ sử dụng một tỷ lệ chiết khấu duy nhất để đánh giá tất cả các kế hoạch đầu tư. Mặc dù việc sử dụng một tỉ lệ chiết khấu duy nhất giúp đơn giản hóa quy trình tính toán, nhưng trong nhiều trường hợp điều đó lại dẫn đến những sai lệch. Nếu một tiến hành đánh giá hai dự án đầu tư, cả hai dự án cùng sử dụng chung một tỉ lệ chiết khấu, cùng dòng tiền tương lai, cùng mức độ rủi ro, và cùng có thời gian thực hiện ngắn, IRR là một cách đánh giá hiệu quả. Tuy nhiên bản thân tỉ lệ chiết khấu lại là một nhân tố động, nó luôn biến đổi theo thời gian. Nếu quy ước sử dụng lãi suất trái phiếu chính phủ làm lãi suất chiết khấu, lãi suất này có thể thay đổi từ 1% đến 20% trong vòng 20 năm, từ đó làm cho tỉ lệ chiết khấu cũng biến động theo. Nếu không có sự điều chỉnh, tức là IRR không tính đến sự thay đổi của tỉ lệ chiết khấu, phương pháp này sẽ không phù hợp với các dự án dài hạn.
