Quyết định 291/2006/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt Đề án thanh toán không dùng tiền mặt giai đoạn 2006 - 2010 và định hướng đến năm 2020 tại Việt Nam | - Hoàn thiện hệ thống thanh toán bù trừ và quyết toán chứng khoán (bao tín phiếu kho bạc, trái phiếu chính phủ, cổ phiếu được niêm yết.) theo những khuyến nghị của Ủy ban các Hệ thống Thanh toán và Quyết toán (CPSS) thuộc Ngân hàng Thanh toán Quốc tế (BIS), xét về dài hạn, khi thị trường chứng khoán Việt Nam ngày càng phát triển thì việc chỉ định một ngân hàng thanh toán (hiện nay là Ngân hàng Đầu tư và Phát triển Việt Nam) sẽ có những rủi ro nhất định về khả năng thanh toán do khối lượng giao dịch tăng cao vượt quá khả năng xử lý của ngân hàng, gây rủi ro hệ thống, đồng thời cũng tạo ra sự bất bình đẳng cho các thành viên tham gia thị trường chứng khoán, cụ thể là các NHTM khác. Vì vậy, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam cần phối hợp với Bộ Tài chính (Ủy ban Chứng khoán Nhà nước) thực hiện kết nối hệ thống thanh toán liên ngân hàng với hệ thống của Trung tâm Lưu ký Chứng khoán cho việc bù trừ và quyết toán chứng khoán theo phương thức chuyển giao chứng khoán kèm thanh toán. Việc chuyển giao chứng khoán để lưu ký được thực hiện thông qua tài khoản lưu ký chứng khoán của các công ty chứng khoán tại Trung tâm Lưu ký Chứng khoán việc thanh toán tiền được thực hiện qua tài khoản tại Sở Giao dịch Ngân hàng Nhà nước Việt Nam của các ngân hàng thương mại nơi công ty chứng khoán mở tài khoản;
