Theo quan điểm hiện đại (NCBI- National Center for Biotechnology Information, 2005) thì vi khuẩn bao gồm các ngành sau đây : 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. -Aquificae -Thermotogae -Thermodesulfobacteria -Deinococcus-Thermus -Chrysiogenetes -Chloroflexi -Nitrospirae -Defferribacteres -Cyanobacteria -Proteobacteria -Firmicutes -Actinobacteria -Planctomycetes 14. 15. 16. 17. 18. 19. -Chlamydiae/Nhóm Verrucomicrobia -Spirochaetes -Fibrobacteres /Nhóm Acidobacteria -Bacteroidetes/Nhóm Chlorobia -Fusobacteria -Dictyoglomi Việc phân ngành dựa trên các đặc điểm hình thái, sinh lý, sinh hóa, sinh thái. . | Các nhóm vi khuẩn chủ yếu Theo quan điểm hiện đại NCBI- National Center for Biotechnology Information 2005 thì vi khuẩn bao gồm các ngành sau đây 1. -Aquificae 2. -Thermotogae 3. -Thermodesulfobacteria 4. -Deinococcus-Thermus 5. -Chrysiogenetes 6. -Chloroflexi 7. -Nitrospirae 8. -Defferribacteres 9. -Cyanobacteria 10. -Proteobacteria 11. -Firmicutes 12. -Actinobacteria 13. -Planctomycetes 14. -Chlamydiae Nhóm Verrucomicrobia 15. -Spirochaetes 16. -Fibrobacteres Nhóm Acidobacteria 17. -Bacteroidetes Nhóm Chlorobia 18. -Fusobacteria 19. -Dictyoglomi Việc phân ngành dựa trên các đặc điểm hình thái sinh lý sinh hóa sinh thái. Căn cứ vào tỷ lệ G C trong ADN người ta xây dựng được cây phát sinh chủng loại Phylogenetic tree và chia vi khuẩn thành 11 nhóm sau đây 1. -Nhóm Oxy hoá Hydrogen 2. -Nhóm Chịu nhiệt 3. -Nhóm Vi khuẩn không lưu huỳnh màu lục 4. -Nhóm Deinococcus 5. -Nhóm Vi khuẩn lam 6. -Nhóm Proteobacteria 7. -Nhóm Chlamydia 8. -Nhóm Planctomyces 9. -Nhóm Spirochaetes Xoắn thể 10. -Nhóm Vi khuẩn lưu huỳnh màu lục 11. -Nhóm Cytophaga 12. Nhóm Vi khuẩn Gram .
