Dựa trên so sánh trình tự 16S rARN các đại diện cổ khuẩn đã phân lập được chia thành hai nhóm chính là Euryarchaeota và Crenarchaeota (Hình 4,5). Euryarchaeota là nhóm cổ khuẩn được biết rõ nhất, bao gồm nhiều loài sinh methane, cổ khuẩn ưa mặn, khử sulfat (Archaeoglobales), Thermoplasmalates và Thermococcales. Nhóm Crenarchaeota gồm ba lớp Desulfococcales, Sulfolobales và Thermoproteales. Sau này nhóm cổ khuẩn Korarchaeota được đề xuất thêm (Hình 6), tuy nhiên chỉ dựa trên các trình tự 16S rADN có được từ các mẫu ADN tách trực tiếp từ môi trường chứ chưa có đại. | Phả hệ cổ khuẩn dựa trên trình tự 16S rARN Dựa trên so sánh trình tự 16S rARN các đại diện cổ khuẩn đã phân lập được chia thành hai nhóm chính là Euryarchaeota và Crenarchaeota Hình 4 5 . Euryarchaeota là nhóm cổ khuẩn được biết rõ nhất bao gồm nhiều loài sinh methane cổ khuẩn ưa mặn khử sulfat Archaeoglobales Thermoplasmalates và Thermococcales. Nhóm Crenarchaeota gồm ba lớp Desulfococcales Sulfolobales và Thermoproteales. Sau này nhóm cổ khuẩn Korarchaeota được đề xuất thêm Hình 6 tuy nhiên chỉ dựa trên các trình tự 16S rADN có được từ các mẫu ADN tách trực tiếp từ môi trường chứ chưa có đại diện nào được phân lập và nuôi cấy trong phòng thí nghiệm. Sulftilcibai toựátaríau lieiuffutwort-us PvríMÌứtium mculHtni Tht niwjilmn pcndcnx tentu Methaiuicuccus jannas-chii I- MutharufbitLtcnum lhtrni fiUlt ir iphicum ------Mri Jjuflm MC eriiUJi formjttcum Mtthanoliwnnui fcnitiui ArehatoỊitobỉis fulỊỊÒiuS CrviiarthttCfrta Eiiryỉirthỉitírtii --------ThermupkiittiU ưi idt pttĩlufn -------------- Hahifenix võicaỉvâ Mrthantnarrina biirkcri Metlunmxiii tii comitii -------- Methamxfpinliwn MellitiiiiHHtcnibiifrtt rnt liiittf Hình 4. Các đại diện của hai nhóm cổ khuẩn Crenarchaeota và Euryarchaeota. Hình 5. Hình thái một sô đại diện của hai nhóm cô khuân Euryarchaeota và .