Mặc dù cho đến thế kỉ XIX vai trò của vi sinh vật trong những biến đổi sinh học vẫn không được thừa nhận, nhưng con người đã sử dụng vi sinh vật từ rất lâu trong việc chế biến thực phẩm, thức uống có cồn, sản xuất sữa, dệt vải, Ngày nay, việc sử dụng vi sinh vật rộng rãi hơn trước đây rất nhiều