Hiện nay công tác kiểm tra, kiểm soát cho thấy hầu như không thể quản lý, khai thác được các nguồn thu của các đơn vị sự nghiệp có thu nói chung và các đơn vị sự nghiệp có thu thuộc Bộ Tài chính nói riêng. Tại nhiều đơn vị việc điều hành thu chi các khoản thường diễn ra vô tội vạ do không có chuẩn mực, cơ chế nào để hướng dẫn, theo dõi, giám sát.