Một ưu điểm khác của PCR trong chẩn đoán bệnh nhiễm khuẩn là PCR không những có thể phát hiện được tác nhân vi sinh vật gây bệnh trực tiếp trong bệnh phẩm mà còn có thể phân loại kiểu di truyền của các vi sinh vật này, không cần phải nuôi cấy được vi khuẩn. Ðây là một đóng góp rất lớn trong nghiên cứu dịch tễ học tìm hiểu mối liên quan của các tác nhân gây bệnh trong cộng đồng. . | 19 Một ưu điểm khác của PCR trong chẩn đoán bệnh nhiễm khuẩn là PCR không những có thể phát hiện được tác nhân vi sinh vật gây bệnh trực tiếp trong bệnh phẩm mà còn có thể phân loại kiểu di truyền của các vi sinh vật này không cần phải nuôi cấy được vi khuẩn. Đây là một đóng góp rất lớn trong nghiên cứu dịch tễ học tìm hiểu mối liên quan của các tác nhân gây bệnh trong cộng đồng. Ngoài ra PCR còn có thể phát hiện vi khuẩn kháng kháng sinh ví dụ phát hiện M. tuberculosis kháng rifampicin một chìa khóa chủ yếu để bác sĩ điều trị có thể sử dụng phát đồ điều trị đúng cho bệnh nhân . . PCR với tiến hóa và khảo cổ học Từ năm 1963 các nhà nghiên cứu đã bắt đầu nghiên cứu về tiến hóa dựa trên cấu trúc phân tử của protein cytochrome c hemoglobin ribonuclease . Sau đó bắt đầu nghiên cứu tập trung vào trình tự chuỗi 16S RNA của ribosome trên vi khuẩn hay bộ gene của ty thể và lục lạp của thực vật. Ngày nay PCR đã góp phần làm công việc nghiên cứu về tiến hóa phân tử học trở nên dễ dàng và nhanh chóng hơn. Người ta có thể so sánh các loài với nhau bằng cách dùng các mồi đặc hiệu cho những vùng có tính ổn định cao trong bộ gen nhờ đó khuếch đại các vùng biến đổi rồi so sánh với nhau. Ưu điểm vượt trội nhất của PCR trong lĩnh vực này là chỉ cần một số lượng rất nhỏ mẫu vật là đủ để có thể tiến hành phân tích. Trong lĩnh vực khảo cổ học nhờ DNA là một loại phân tử khá bền vững có những mảnh DNA có thể tồn tại nguyên vẹn trong thời gian khá dài. Có rất nhiều trường hợp những mảnh DNA cổ đại đã được PCR khuếch đại thành công người ta có thể khuếch đại DNA ty thể từ một người Châu Mỹ sống cách đây 7000 năm hay từ các mảnh xương của cọp răng chồn sống cách đây năm . . PCR với phát hiện các khiếm khuyết gene Khiếm khuyết gene gây các bệnh di truyền hay ung thư là do bị đột biến đoạn hay đột biến điểm. Phát hiện các đột biến bằng phương pháp PCR khi đoạn DNA đặc hiệu đuợc khuếch đại lên có kích thước khác bình thường do thêm hay mất đoạn .
