Ứng dụng của marker isozyme đã được sử dụng thành công để nhận diện giống ở một số loài cây ăn trái như bơ ( Goldring và ctv, 1985), táo (Weeden và Lamb, 1985), xoài (Chemda Degani và Ruth EI-Batsri, 1990 - 1992). Đối với dứa, marker isozyme cũng đã được sử dụng để phân nhóm 161 dòng dứa dựa vào 6 enzyme (Aradhya . và ctv, 1994). | 11 nhiên số lượng marker isozyme ít do đó không đủ để nghiên cứu toàn vẹn sự đa dạng di truyền phân tích dựa trên kiểu hình nên dễ bị ảnh hưởng bởi yếu tố môi trường. Ứng dụng của marker isozyme đã được sử dụng thành công để nhận diện giống ở một số loài cây ăn trái như bơ Goldring và ctv 1985 táo Weeden và Lamb 1985 xoài Chemda Degani và Ruth EI-Batsri 1990 - 1992 . Đối với dứa marker isozyme cũng đã được sử dụng để phân nhóm 161 dòng dứa dựa vào 6 enzyme Aradhya . và ctv 1994 . . Phương pháp dùng chỉ thị marker phân tử Chỉ thị phân tử là những đặc điểm thể hiện ở khía cạnh hoá học hay cấu trúc phân tử di truyền lại cho đời sau giống như các nhân tố di truyền Meldel nhưng lại có thể định lượng được. Về nguyên tắc bất cứ đoạn DNA nào phân biệt được hai cá thể hai dòng hoặc các giống khác nhau thì có thể xem như là một marker DNA. Marker DNA có nhiều ưu điểm hơn so với marker hình thái và isozyme vì sản phẩm thể hiện tính đa hình cao tính đồng trội tính ổn định không phụ thuộc vào yếu tố môi trường. Các chỉ thị di truyền phân tử được sử dụng để xác định mối quan hệ giữa các cá thể trong cùng một loài hoặc giữa các loài là cơ sở cho việc phân loại dưới loài thứ phát hiện loài mới và mối quan hệ tiến hoá giữa loài Ahn et al. 1993 Dunforal et al. 1995 . Chúng có thể được dùng để chọn các tổ hợp lai Nair et al. 1995 Zhang et al. 1995 . Các chỉ thị DNA có thể chia thành 2 nhóm sau Bùi Chí Bửu và Nguyễn Thị Lang 2004 - Chỉ thị dựa trên cơ sở chuỗi phản ứng polymerase PCR - Polymerase Chain Reaction PCR-based có các RAPD AFLP SSR SSCP STS - Chỉ thị trên cơ sở đánh dấu thăm dò và lai DNA DNA DNA hydridization-based RFLP minisatellite. 12 Bảng Các loại marker DNA Bùi Chí Bửu và Nguyễn Thị Lang 2004 Chỉ thị marker Tên đầy đủ RAPD Random amplified polymorphic DNA AP-PCR Arbitrary primer-PCR DAF DNA amplification fingerprinting AFLP Amplified fragment length polymorphism ALP Amplicon length polymorphism SSR Simple sequence repeat microsatellite SSCP Single strand .
