Hình . Sản phẩm PCR lần thứ hai (1) và (3) PCR mẫu DL1 ở nồng độ 30ng và 10ng (2) và (4) PCR mẫu DL2 ở nồng độ 30ng và 10ng Ở hai mẫu một và hai là sản phẩm PCR của hai mẫu Phytophthora trên địa lan với nồng độ 30ng. Trong khi hai mẫu còn lại là kết quả thu được khi chạy PCR hai mẫu trên với nồng độ 10ng. Chúng tôi tạm thời không thể giải thích rõ ràng kết quả trên tuy nhiên nó cho ta thấy nồng độ DNA mẫu cũng quyết định kết quả. | 32 900bp Hình . Sản phẩm PCR lần thứ hai 1 và 3 PCR mẫu DL1 ở nồng độ 30ng và 10ng 2 và 4 PCR mẫu DL2 ở nồng độ 30ng và 10ng Ở hai mẫu một và hai là sản phẩm PCR của hai mẫu Phytophthora trên địa lan với nồng độ 30ng. Trong khi hai mẫu còn lại là kết quả thu được khi chạy PCR hai mẫu trên với nồng độ 10ng. Chúng tôi tạm thời không thể giải thích rõ ràng kết quả trên tuy nhiên nó cho ta thấy nồng độ DNA mẫu cũng quyết định kết quả PCR. Ở nồng độ 30ng mẫu chỉ cho ra sản phẩm là một band DNA duy nhất chứng tỏ mẫu DNA ly trích là mẫu tinh sạch không tạp nhiểm với DNA của bất kì một loài nào khác. Sản phẩm PCR của hai mẫu Phytophthora trên địa lan ở nồng độ 10ng cho hai band rõ ràng độ sáng như nhau. Kích thước hai band này chênh lệch nhau khoảng 100bp. Chúng tôi có thể giải thích kết quả trên như sau thứ nhất nguyên nhân này có thể là do hai mẫu nấm này đã bị tạp nhiễm trong quá trình pha loãng ở nồng độ 10 ng cho nên sản phẩm PCR ở nồng độ 10 ng cho ra hai band khác thứ hai do quá trình pha loãng không đáng tin cậy. Sản phẩm pha loãng ở 10 ng có nồng độ cao hơn sản phẩm pha loãng ở 30 ng và kích thước đoạn trình tự này có vùng lập lại cho nên trong điều kiện nhất định cặp mồi ITS4 - ITS5 có thể bắt cặp ở nhiều vị trí khác nhau và cho ra sản phẩm PCR có đến hai hay ba band khác nhau trên cùng một vùng trình tự các band này có độ sáng như nhau. 33 Như vậy kết quả chạy PCR ở trên không thể định danh được hai mẫu Phytophthora. Để định danh được hai mẫu nấm trên chúng tôi đã tiến hành tinh sạch sản phẩm PCR nhằm mục đích giải trình tự chúng một cách chính xác hơn. Kết quả tinh sạch sản phẩm PCR Tinh sạch sản phẩm PCR dùng để giải trình tự cũng nhằm mục đích như tinh sạch mẫu DNA dùng cho phản ứng PCR. Cả hai nguyên tắc tinh sạch này là như nhau nhưng với qui trình tinh sạch để giải trình tự đòi hỏi phải được thực hiện nghiêm ngặt hơn. Bởi vì qui trình này phải đảm bảo độ tinh sạch của sản phẩm PCR là tối ưu nhất đủ để thực hiện phương pháp giải trình tự bằng máy .
