Nguyên nhân của viêm não thường gặp nhất là nhiễm virus. Một số ví dụ điển hình là do herpes virus; do arbovirus lây truyền do muỗi, bét hoặc các côn trùng khác; bệnh dại gây nên do vết cắn của một số động vật nhiễm bệnh như chó, mèo. Viêm não có hai thể phân theo phương thức virus sử dụng gây nhiễm trùng ở hệ thần kinh trung ương: