hởi sinh bao gồm Vi khuẩn (Bacteria) và Vi khuẩn lam (Cyanobacteria). Nguyên sinh bao gồm Động vật nguyên sinh (Protzoa), Tảo (Algae) và các Nấm sợi sống trong nước (Water molds). Gần đây hơn có hệ thống phân loại 6 giới- như 5 giới trên nhưng thêm giới Cổ vi khuẩn (Archaebacteria), giới Khởi sinh đổi thành giới Vi khuẩn thật (Eubacteria) (P. H. Raven, G. B. Johnson, 2002). Cổ vi khuẩn và Vi khuẩn thật thuộc Còn. | Những phản ứng này được sử dụng để sinh ra năng lượng ATP cho tế bào. Vi khuẩn nitrat hoá là các loài dị dưỡng hoá năng và nhiều loài bị ức chế bởi vật chất hữu cơ. Nitrat là một nguồn nitơ quan trọng cho cây trồng. Vi khuẩn phản nitrat hoá chuyển hoá nitrat và loại bỏ chúng khỏi vòng tuần hoàn nitơ. Phản nitrat hoá là quá trình biến đổi nitrat thành nitrit và khí nitơ. Sự chuyển hoá này có thể được trình bày như sau NO3--------- NO2---------- N2O k N2 Phản nitrat hoá còn được gọi là hô hấp yếm khí. Nhiều giống vi khuẩn gồm có Pseudomonas và Bacillus có khả năng phản nitrat hoá trong điều kiện yếm khí. Nitơ không khí có thể quay trở lại đất bởi sự biến đổi khí nitơ thành amonia một quá trình được gọi là sự cố định nitơ. Các tế bào vi sinh vật có enzym nitrogenaza có thể cố định nitơ trong điều kiện yếm khí như sau N2 6H 6e- 2NH3 Một số sinh vật tiền nhân sống tự do ví dụ như Azotobacter Clostridium và vi khuẩn lam có khả năng cố định nitơ. Nhiều loại vi khuẩn cố định nitơ sống liên kết chặt với rễ các loại cỏ trong đất vùng rễ nơi mà lông hút tiếp xúc với đất. Vi khuẩn cộng sinh cung cấp một vai trò quan trọng hơn trong quá trình cố định nitơ phân tử. Một điển hình là mối quan hệ cộng sinh giữa Rhizobium và rễ cây họ đậu như đậu tương đậu xanh đậu Hà lan cỏ Alfalfa và cỏ ba lá có đến hàng nghìn loài đậu đỗ khác nhau. Nông dân đã trồng đậu tương và Alfalfa để tái tạo Nitơ trong các cánh đồng của họ. Nhiều loại đậu đỗ hoang dại có thể sinh trưởng trên những vùng đất nghèo dinh dưỡng tìm thấy ở rừng rậm nhiệt đới hoặc sa mạc khô cằn. Loài Rhizobium là đặc trưng cho từng loại cây chủ mà chúng nhiễm vào. Khi lông hút và vi khuẩn Rhizobia tiếp xúc trong đất nốt sần rễ được hình thành trên cây chủ. Nốt sần cung cấp môi trường yếm khí cần thiết cho quá trình cố định nitơ. Quá trình cố định nitơ phân tử cộng sinh cũng xảy ra trên rễ của các cây không thuộc họ đậu. Xạ khuẩn Frankia hình thành nốt sần trên cây tổng quán sủi. Bất kỳ sự phá vỡ nào trong vòng tuần hoàn nitơ cũng
