Tuy nhiên, khởi động phiên mã có thể xảy ra được hay không còn phụ thuộc vào nhiều yếu tố khác nữa. Ví dụ, khởi động ở các gen chịu sự kiểm soát tích cực (positive control) còn phụ thuộc vào sự có mặt của các protein hoạt hoá. Protein hoạt hoá thường liên kết với protein khác, gọi là chất cảm ứng (inducer) tạo thành phức. | 39 trở thành yếu tố đầu tiên kiểm soát một gen chuyển từ trạng thái bất hoạt silent state sang trạng thái sẵn sàng cho khởi động phiên mã active state . Tuy nhiên khởi động phiên mã có thể xảy ra được hay không còn phụ thuộc vào nhiều yếu tố khác nữa. Ví dụ khởi động ở các gen chịu sự kiểm soát tích cực positive control còn phụ thuộc vào sự có mặt của các protein hoạt hoá. Protein hoạt hoá thường liên kết với protein khác gọi là chất cảm ứng inducer tạo thành phức. Phức này activator inducer có khả năng tương tác với ADN hoặc với ARN polymerase. Nhờ đó cấu trúc cục bộ của ADN thay đổi hoặc ái lực liên kết của ARN polymerase với promoter tăng tạo điều kiện thuận lợi để khởi động phiên mã. Như vậy hoạt động của gen bị kiểm soát theo cơ chế tích cực sẽ tăng hoặc giảm phụ thuộc vào sự có mặt hoặc thiếu vắng các activator và inducer ví dụ điển hình là hoạt động của operon ara . Ngược lại cơ chế kiểm soát tiêu cực liên quan đến protein ức chế repressor . Repressor cũng thường liên kết với protein khác gọi là corepressor để tạo phức. Phức này tương tác với ADN hoặc với ARN polymerase để ngăn cản khởi động phiên mã. Do đó hoạt động của gen bị kiểm soát theo cơ chế tiêu cực sẽ được bật mở hoặc đóng phụ thuộc vào sự thiếu vắng repressor hoặc có mặt của repressor và corepressor ví dụ điển hình là hoạt động của operon lac . Cả hai cơ chế kiểm soát tiêu cực và tích cực có thể kết hợp cùng nhau để điều biến biểu hiện của gen. Các protein hoạt hoá và ức chế có thể cạnh tranh tương tác để điều biến một cách linh động biểu hiện của gen. Một số gen thường biểu hiện liên tục nhưng chỉ ở mức độ tối thiểu trong tế bào. Các gen này dễ dàng tăng cường hoạt động khi xuất hiện các yếu tố hoạt hoá như activator và inducer. Ví dụ hoạt động của một số gen mã cho enzym tăng mạnh khi xuất hiện cơ chất. Những gen này được gọi là inducible gene gen có thể hoạt hoá . Ngược lại một số gen thường biểu hiện ở mức độ mạnh. Chúng dễ dàng bị kìm hãm khi xuất hiện protein ức chế-repressor. Ví dụ hoạt .
