Thuế là nguồn thu ổn định của Nhà nước, là công cụ phân phối thu nhập quốc dân, thực hiện điều tiết vĩ mô nền kinh tế và là công cụ bảo vệ kinh tế trong nước, cạnh tranh với nước ngoài. | Hầu hết các nước áp dụng phương pháp khấu trừ thuế đều sử dụng phương pháp lấy thuế đầu ra trừ thuế đầu vao. Nếu hoá đơn đầu vào không ghi số thuế GTGT thì không được khấu trừ. ậ nước ta trong các văn bản luật mới ban hành đã qui định cho khấu trừ thuế GTGT đầu vào (1% đến 5%) nhưng chỉ áp dụng đối với hàng hoá nông, lâm hải sản mua trực tiếp của người sản xuất không có hoá đơn, nhưng có bản kê. Sau gần 9 tháng thực hiện, Chính phủ ban hành Nghị định 78/1999 - NĐ - CP cho phép khấu trừ thuế đầu vào đôi với cả phế liệu (3% đến 5%), đối với hàng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt đầu vào (4%) và tất cả hàng hoá, dịch vụ đầu vào khác có hoá đơn hàng hoá thông thường được khấu trừ 3%. Việc cho khấu trừ thuế đầu vào lại phát sinh những vướng mắc như: Có nhiều tỷ lệ khấu trừ khác nhau nên rất phức tạp trong quá trình thực hiện và không khuyến khích sử dụng hoá đơn chứng từ. Đối với hàng hoá nông, lâm, hải sản không cần hoá đơn, chỉ cần bản kê dẫn tới có trường hợp cơ sở sản xuất mua của người kinh doanh buôn chuyến, người thu gom trốn thuế, các doanh nghiệp không lấy hoá đơn bán hàng, tạo kẽ hở để cơ sở kinh doanh buôn chuyến, người thu gom trốn thuế. Các doanh nghiệp mua nông, lâm, hải sản sau đó sơ chế bán hàng trong nước thì được khấu trừ thuế nhưng nếu xuất khẩu lại không được trừ thuế đầu vào.
