Bất chấp việc có rất nhiều mục tiêu của chương trình Kiểm toán được đề cập đến trong chương 2, hầu hết các chương trình kiểm toán đều có những yếu tố chung. Mỗi chương trình kiểm toán là một nhóm các cá nhân thực hiện công việc đánh giá một vấn đề, thu thập, phân tích thông tin và đưa ra kết luận về mức độ tuân thủ những quy định về môi trường, đồng thời báo cáo kết quả kiểm toán. Chương 3 đưa ra một cái nhìn tổng thể về những bước cơ bản trong công tác | Bước thứ 2 trong giai đoạn thanh tra chính là tiến hành đánh giá điểm yếu và điểm mạnh của những thủ tục và hệ thống quản lý nội bộ đã được xác định trong bước 1. Lúc này thanh tra viên sẽ xem xét những chỉ số như là: Những trách nhiệm đã được quy định rõ, hệ thống phân công tương ứng, những hiểu biết và năng lực của các thành viên, chứng từ sổ sách và kiểm tra nội bộ. Bước này sẽ tạo cơ sở cho những bước thanh tra tiếp theo. Trong trường hợp mô hình của hệ thống quản lý môi trường nội bộ là hoàn chỉnh ( có nghĩa là những kết quả mà nếu hệ thống đó hoạt động đem lại là chấp nhận được) thì những bước kiểm toán tiếp theo sẽ tập trung vào tính hiệu quả mà mô hình đó đem lại khi thực sự được sử dụng và khả năng hệ thống đó sẽ hoạt động như mong muốn. Nếu mô hình của hệ thống quản lý môi trường nội bộ không đủ hoàn chỉnh để có thể đưa ra được kết quả tốt thì những hoạt động kiểm toán tiếp theo sẽ phải tập trung vào tính hiệu quả về mặt môi trường hơn là vào hệ thống quản lý nội bộ. Nói cách khác, các kiểm toán viên không được phép tập trung kiểm tra về chức năng của hệ thống nôị bộ mà họ đã đánh giá là không hoàn chỉnh trong khâu thiết kế.
