Là ổ mủ nằm trong tổ chức não, căn nguyên thường gặp do vết thương hoả khí; áp xe đường máu. Áp xe theo đường máu có đặc điểm là ổ mủ nằm sâu trong tổ chức não, có thể một ổ nhưng cũng có thể nhiều ổ áp xe. Áp xe trong nhu mô não là áp xe hay gặp nhất nên trong cơ chế bệnh sinh dưới đây chỉ đề cập đến áp xe trong não.