Công ty Cổ phần Thủy sản Mekong tiền thân là là Xí nghiệp Rau quả đông lạnh xuất khẩu Hậu Giang do Ủy Ban Nhân Dân tỉnh Cần Thơ (Hậu Giang) ký quyết định thành lập tháng 04 năm 1979. Đến cuối tháng 02/2007, Công ty chính thức chuyển đổi hoạt động sang hình thức. Công ty Cổ phần với tên là Công ty Cổ phần Thủy sản Mekong, theo giấy phép đăng ký kinh doanh số 5703000016 do Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Cần Thơ cấp. Sau nhiều lần tăng vốn, hiện nay vốn điều lệ của Công ty đã đạt 81 tỷ. | Năm 2009 có thể đánh giá là một năm đầy khó khăn cho các doanh nghiệp kinh doanh nói chung, do ảnh hưởng từ cuộc khủng hoảng tài chính. Tuy nhiên, thông qua đánh giá tình hình hoạt động công ty thủy sản mekong, có thể thấy công ty này đã đạt được kết quả kinh doanh tốt. Đó có thể do những yếu tố như sự hỗ trợ từ Nhà nước về chính sách vay vốn, lãi suất, thuế thu nhập. Ngoài ra, công ty đã có những chính sách hợp lý, chủ động mở rộng thị trường cũng như sản phẩm xuất khẩu, không chỉ phụ thuộc vào những thị trường chính như Mỹ, EU, Nhật Bản như trước. Trong năm 2010, công ty đã mở rộng thị trường sang các nước như Nga. Do các nước nhập khẩu chính của thị trường Việt Nam đang trong quá trình phục hồi kinh tế, nhu cầu cho các mặt hàng thủy hải sản có thể tăng cao. Ngoài ra, đối với một số mặt hàng như tôm, các nước nhập khẩu đã nới lỏng và có những chính sách hỗ trợ cho các doanh nghiệp Việt Nam nhập khẩu vào thị trường. Tuy nhiên, khó khăn là vẫn có, đặc biệt là từ những quy định mới từ phía EU và sự cạnh tranh từ các nước, mà trước nhất là từ các nước trong khu vực như Thái Lan, Indonesia. Dự báo, trong quý 1 năm 2011, tình hình kinh doanh của các doanh nghiệp thủy sản sẽ gặp một số khó khăn. Tuy nhiên, đến quý 2 và quý 3, doanh thu của các doanh nghiệp thường cao hơn các quý khác, giúp tình hình kinh doanh sang sủa hơn.
