Lai trong loài Các giống bông trồng cùng một loài lai với nhau trong nhiều trường hợp cho các dạng biến dị tổ hợp rất tốt. Khi chọn các giống bố mẹ để lai cần lưu ý đến các đặc tính kinh tế quan trọng như số quả/ cây, kích thước quả, tỉ lệ xơ, chất lượng xơ, tính chống chịu | Phương pháp lai hữu tính đối với cây bông . Lai trong loài Các giống bông trồng cùng một loài lai với nhau trong nhiều trường hợp cho các dạng biến dị tổ hợp rất tốt. Khi chọn các giống bố mẹ để lai cần lưu ý đến các đặc tính kinh tế quan trọng như số quả cây kích thước quả tỉ lệ xơ chất lượng xơ tính chống chịu. để có thể chọn được từ con lai những biến dị tổ hợp với nhiều tính trạng quý. Các giống bố mẹ có thể khác nhau về hình thái xa nhau về địa lí vùng sinh thái. Tuỳ theo yêu cầu cụ thể có thể lai đơn lai kép hoặc lai phức tạp hơn. Muốn tăng tính trạng có lợi hoặc loại bỏ tính trạng xấu có thể sử dụng phương pháp lai lại backcross . Vì bông là cây tự thụ phấn cũng có tỉ lệ giao phấn khá cao nhờ côn trùng do đó vật liệu lai cần được chọn lọc kỹ và phải cho tự thụ phấn kèm theo cách li chặt chẽ trước khi lai vài ba thế hệ để bảo đảm độ thuần của giống dòng. Chọn lọc đối với con lai bắt đầu từ F2 và tiếp tục ở các thế hệ tiếp sau. Chọn lọc có hiệu quả đối với quần thể con lai ở cây bông là chọn lọc theo phả hệ pedigree . . Lai xa Đối với cây bông lai xa rất có ý nghĩa. Rất nhiều dạng lai có giá trị thu được từ lai xa các dạng lai có xơ bền sợi mịn xơ dài kháng côn trùng và tuyến trùng chống chịu bệnh héo nhũn bệnh giác ban bệnh xoăn lùn do virus. Lai xa giữa các loài bông có cùng số lượng nhiễm sắc thể thường dễ thu được kết quả bông luồi với bông Hải Đảo bông cỏ châu Á với bông cỏ châu Phi . Lai xa giữa các loài khác nhau về số lượng nhiễm sắc thể 2x và 4x thường rất khó khăn. Hạt lai thường bị rỗng do phôi chết sớm quả lai thường rụng sớm nếu thu được kết quả thì con lai F1 cũng thường bất dục. Để khắc phục hiện tượng không kết hạt khi lai xa đầu tiên phải tạo điều kiện tốt cho cây mẹ trong và sau khi lai như chế độ dinh dưỡng nhiệt độ ánh sáng. .
