Trong nuôi thủy sản, việc sử dụng thuốc, hóa chất và kháng sinh là điều không thể tránh khỏi đặc biệt mức độ thâm canh càng cao thì việc sử dụng thuốc, hóa chất và kháng sinh càng nhiều. Hiện nay, tính an toàn vệ sinh thực phẩm nói chung hay trong các mặt hàng thủy sản nói riêng ngày càng được chú trọng. Các mặt hàng xuất khẩu dư lượng kháng sinh trong các sản phẩm được kiểm soát rất chặt chẽ