Vào mùa mưa lũ, nhiều khó khăn phát sinh do môi trường nuôi thủy sản biến động. Môi trường thay đổi đột ngột và ô nhiễm làm thủy sản nuôi bị yếu do sốc, dẫn đến bỏ ăn, thậm chí bị chết do nhiễm dịch bệnh: Nhiệt độ nước giảm đột ngột Nước mưa có tính axit