Hiện nay tình trạng nợ tồn đọng trong các HTXNN đang là vấn đề nổi cộm cần được giải quyết. Nợ phải thu chiếm tỷ lệ quá cao trong tổng số tài sản lưu động của HTXNN tỷ lệ trung bình là 63,01 % đặc biệt ở huyện Phú Lộc là 91,56% gây ảnh hưởng rất lớn đến hiệu quả kinh doanh của các HTXNN. .