Lập hồ sơ theo sự hướng dẫn của bản danh mục hồ sơ tuy có nhiều thuận lợi cho cán bộ cơ quan, nhưng trong thực tế, hầu hết các cơ quan Nhà nước đã không lập được bản danh mục này, văn bản hình thành trong hoạt động của cơ quan đã không được chú ý phân loại khoa học ngay từ khi các vấn đề, sự việc vừa được giải quyết xong. Do đó các văn bản thường bị phân tán, lẫn lộn giữa vấn đề này với vấn đề khác