I. Phương pháp PCR 1. Khái niệm PCR (Polymerase Chain Reaction) (Phản ứng Trùng Phân, Phản ứng chuỗi Polymerase, hay phản ứng PCR). Bản chất của PCR là sự tổng hợp nhân tạo nhằm tạo ra các đoạn ADN mới. 2. Các thành phần chính của PCR Các thành phần chính của PCR gồm: ADN khuôn, dNTP, Mồi (primer), enzym polymerase (Taq), MgCl2 và đệm PCR Phản ứng được thực hiện trong máy chu kỳ nhiệt, hay còn gọi là máy PCR | STS (Sequence Tagged Sites) có thể được xem như là một kỹ thuật thay thế RFLP và RAPD. Trong các kỹ thuật ADN thì RFLP rất phức tạp, tốn kém và khó thực hiện nhất; trong khi đó RAPD lại được xem như một kỹ thuật không ổn định, kết quả có thể không đồng nhất nếu thực hiện phản ứng trong cùng điều kiện nhưng ở hai máy PCR khác nhau. Để khắc phục những nhựơc điểm này, người ta đã xây dựng kỹ thuật STS. Nguyên lý của STS đó là: trước tiên người ta xác định trình tự các nucleotide ở hai đầu của các đoạn ADN sử dụng làm mẫu dò trong kỹ thuật RFLP và sản phẩn RAPD; sau đó dựa vào trình tự đã xác định, người ta đã thiết kế những mồi PCR có chiều dài khoảng 18 đến 20 nucleotide. Với những mồi như vậy, chúng có thể tổng hợp nên những đoạn ADN nằm trong vùng sản phẩm RFLP và RAPD. Vì dựa trên nguyên lý PCR nên dễ thực hiện, không tốn kém, hơn nữa lại sử dụng mồi đặc hiệu nên kết quả ổn định. Qui trình kỹ thuật STS cũng tương tự với SSR, tuy nhiên có một số điểm cần điều chỉnh cho phù hợp chẳng hạn như nhiệt độ gắm mồi.
