Như đã giới thiệu ở trên, cách tốt nhất bảo đảm an toàn trong thanh toán điện tử là mã hóa các thông tin cần được truyền đi trên mạng. Hiện nay có nhiều giao thức được sử dụng cho phép thực hiện giao dịch trong không gian ảo. Bản chất của giao dịch cũng chỉ là sự chuyển tiền từ tay người này qua người khác. Trong phần này chúng ta sẽ xem xét hai giao thức mở cho phép thực hiện giao dịch an toàn, đó là SSL và SET