Người ta có thể tiến hành xử lý và chọn lọc tế bào thực vật ở ba mức độ cấu trúc chính: callus, tế bào đơn (single cell) và tế bào trần. Trong phạm vi công nghệ (nuôi cấy) tế bào thực vật, người ta thường tập trung các nghiên cứu cho mục đích chọn dòng tế bào sản xuất dư thừa (over production) các loại sản phẩm chủ yếu là các amino acid và các hợp chất tự nhiên.