Đang chuẩn bị liên kết để tải về tài liệu:
Lắp ráp và chú giải hệ gen tôm thẻ chân trắng (litopenaeus vannamei) bị nhiễm virus đốm trắng ở Việt Nam

Nội dung bài viết trình bày dữ liệu hệ gen của tôm thẻ chân trắng nhiễm virus đốm trắng được lắp ráp bằng công cụ SOAPdenovo2 thu được hệ gen có kích thước khoảng 1,67Gb với 3.180.049 scaffold với N50 là 616 bp, từ đó dự đoán được 187.948 gen. Trong đó có 133.548 gen được chú giải trên cơ sở dữ liệu UniProtKB/Swissprot và 33.611 gen được chú giải trên cơ sở dữ liệu NT. Đây là những kết quả ban đầu có ý nghĩa quan trọng cho các nghiên cứu tiếp theo về tính trạng kháng bệnh virus đốm trắng của tôm thẻ chân trắng ở Việt Nam. | Tạp chí Công nghệ Sinh học 19 2 271-277 2021 LẮP RÁP VÀ CHÚ GIẢI HỆ GEN TÔM THẺ CHÂN TRẮNG LITOPENAEUS VANNAMEI BỊ NHIỄM VIRUS ĐỐM TRẮNG Ở VIỆT NAM Nguyễn Văn Tụng1 Nguyễn Thị Kim Liên1 Dương Chí Thành1 Nguyễn Thu Hiền1 Nguyễn Ngọc Lan1 Nguyễn Thị Thanh Ngân1 Nguyễn Huy Hoàng1 Trịnh Thị Trang2 Nguyễn Hữu Ninh3 Nguyễn Hữu Hùng3 1 Viện Nghiên cứu hệ gen Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam 2 Học viện Nông nghiệp Việt Nam Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn 3 Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản 3 Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Người chịu trách nhiệm liên lạc. E-mail ntkimlienibt@gmail.com Ngày nhận bài 28.02.2020 Ngày nhận đăng 18.12.2020 TÓM TẮT Tôm thẻ chân trắng Thái Bình Dương Penaeus vannamei hoặc Litopenaeus vannamei là loài tôm có nguồn gốc từ Nam Mỹ đang là một trong những đối tượng tôm nuôi quan trọng có giá trị kinh tế cao ở Việt Nam và nhiều nơi trên thế giới. Trong hai thập kỷ gần đây bệnh do virus đốm trắng white spot syndrome virus - WSSV gây ra ảnh hưởng nghiêm trọng đến ngành nuôi tôm với tỷ lệ gây chết có thể lên đến 100 sau 3 đến 10 ngày phát bệnh. Giải trình tự và lắp ráp hệ gen là một bước quan trọng để cung cấp thông tin di truyền và nghiên cứu các cơ chế phân tử ở các loài có giá trị kinh tế cao. Do đó nghiên cứu này tiến hành giải trình tự lắp ráp và chú giải hệ gen của tôm thẻ chân trắng nhiễm virus đốm trắng tại Việt Nam. Dữ liệu hệ gen của tôm thẻ chân trắng nhiễm virus đốm trắng được lắp ráp bằng công cụ SOAPdenovo2 thu được hệ gen có kích thước khoảng 1 67Gb với 3.180.049 scaffold với N50 là 616 bp từ đó dự đoán được 187.948 gen. Trong đó có 133.548 gen được chú giải trên cơ sở dữ liệu UniProtKB Swissprot và 33.611 gen được chú giải trên cơ sở dữ liệu NT. Đây là những kết quả ban đầu có ý nghĩa quan trọng cho các nghiên cứu tiếp theo về tính trạng kháng bệnh virus đốm trắng của tôm thẻ chân trắng ở Việt Nam. Từ khóa lắp ráp de novo Litopenaeus vannamei SOAP denovo2 tôm thẻ chân trắng virus đốm trắng ĐẶT VẤN ĐỀ với các mô