Kết quả nghiên cứu cho thấy, vài thông số trong môi trường nước tại khu vực đầm Nha Phu (chủ yếu ở vùng đỉnh đầm) có giá trị nằm ngoài giá trị giới hạn của tiêu chuẩn nước nuôi trồng thủy sản Việt Nam, 5943: 1995 và của các nước Asean, thể hiện rất rõ vào mùa mưa: ôxy hòa tan (4,75mg/l), vật lơ lửng (83,3mg/l), nitrate (71Mg/1), ammonia (73Mg/l), hàm lượng hydrocarbon trong nước ở tất cả các trạm khảo sát đều vượt giá trị giới hạn.