Bài viết Cải tiến phương pháp đa hình chiều dài cắt giới hạn đích và giải mã trình tự gene 16S rRNA sử dụng để xác định các chủng vi khuẩn trên lớp nhày vảy cá hướng đến việc phân lập và định danh các chủng vi khuẩn tương tác với lớp nhày vảy cá và xác định các sự khác biệt của các tiểu phần trong cấu trúc quần thể vi khuẩn tồn tại ở các khu vực khảo sát. | TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ ĐẠI HỌC ĐÀ NẴNG - SỐ 7 80 .2014 19 CẢI TIẾN PHƯƠNG PHÁP ĐA HÌNH CHIỀU DÀI CẮT GIỚI HẠN ĐÍCH VÀ GIẢI MÃ TRÌNH TỰ GENE 16S rRNA SỬ DỤNG ĐỂ XÁC ĐỊNH CÁC CHỦNG VI KHUẨN TRÊN LỚP NHÀY VẢY CÁ THE METHOD DEVELOPMENT OF BACTERIAL COMMUNITY IDENTIFICATION BASED ON TERMINAL RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM T-RFLP AND SEQUENCING 16S rRNA ALIGNMENT ON OUTTER FISH MUCUS LAYER Nguyễn Thành Luân1 Phạm Văn Lộc1 Katarina Mikac2 1 Trường Đại học Công nghiệp thực phẩm Việt Nam Email luannt@ 2 Đại học Wollongong Tiểu bang New South Wales 2522 Úc Email kmikac@ Tóm tắt - Việc đánh bắt cá bất hợp pháp gia tăng nhanh chóng từ Abstract - Illegal fishing is the leading loss of fish amp fish habitat các hoạt động đánh bắt không được kiểm soát gây ra mối lo ngại globally. The pressure of pressing profit for annual fishing market về sự tồn tại các loài cá. Nghiên cứu này hướng đến việc phân lập has grown rapidly from illegal unreported amp unregulated fishing và định danh các chủng vi khuẩn tương tác với lớp nhày vảy cá và has been reported in an extreme threat for regional local fisheries xác định các sự khác biệt của các tiểu phần trong cấu trúc quần management amp the sustainability of marine fisheries. This study thể vi khuẩn tồn tại ở các khu vực khảo sát. Nghiên cứu khuếch aims to isolate amp characterise bacterial communities associated đại và tối ưu hóa PCR biểu hiện kỹ thuật t-RFLP được thực hiện. with the outer mucus layer of fish and determine whether a spatial Cây phát sinh loài nhằm phân tích các mối quan hệ của 19 loài pattern of difference in bacterial community composition exists phân lập được với các cơ sở dữ liệu gen được xây dựng. Qua among sites where bacteria were collected. PCR procedure for phân tích trình tự các kết quả cho thấy sự nổi trội của loài Vibrio amplification and optimisation and t-RFLP performance were sp. Trong quần thể vi khuẩn trên 4 khu vực khảo sát quanh vùng proceeded. The phylogenetic
