Bài viết trình bày phương pháp để xây dựng probe đặc hiệu enzyme beta-glucosidase họ GH3 và sử dụng probe cho khai thác, lựa chọn nhanh một số gen mã hóa beta-glucosidase thuộc họ GH3 từ nguồn dữ liệu rất lớn này để đưa vào biểu hiện hiệu quả trong thực nghiệm. | Nghiên cứu khoa học công nghệ XÂY DỰNG PROBE ĐỂ KHAI THÁC VÀ CHỌN GEN MÃ HOÁ ΒETA-GLUCOSIDASE GH3 TỪ DỮ LIỆU GIẢI TRÌNH TỰ DNA METAGENOME VI KHUẨN DẠ CỎ DÊ NGUYỄN KHÁNH HOÀNG VIỆT 1 2 3 ĐỖ THỊ HUYỀN 1 3 NGUYỄN HỮU ĐỨC 4 VŨ THỊ LY 3 TRƯƠNG NAM HẢI 1 3 1. MỞ ĐẦU Beta-glucosidase còn có tên gọi khác là beta-D-glucoside glucohydrolase xúc tác cho quá trình thủy phân các liên kết beta-glucoside ở các gốc alkyl aryl và beta-glucoside như disaccharide và oligosaccharide chuỗi ngắn tạo ra đường glucose 3 . Beta-glucosidase rất phổ biến trong tự nhiên và có thể được tìm thấy trong vi khuẩn nấm thực vật và động vật. Enzyme này làm tăng hiệu quả thủy phân chất thải rất khó phân huỷ trong tự nhiên có nguồn gốc từ thực vật như cellulose trong điều kiện hoạt động nhất định. Ngoài ra beta-glucosidase còn được ứng dụng trong y học như làm thuốc hỗ trợ tiêu hóa hoặc sử dụng trong các bộ kit xét nghiệm nồng độ đường 3 . Ứng dụng kỹ thuật metagenomics theo hướng phân tích dữ liệu thu được từ việc giải toàn bộ trình tự metagenome của hệ vi sinh vật dạ cỏ dê đã khai thác được khung đọc mở ORF trong đó ước đoán gồm rất nhiều trình tự mã hóa cho beta-glucosidase được chú giải chức năng dựa trên dữ liệu KEGG CAZy 6 . Phương pháp dự đoán gen từ dữ liệu khổng lồ DNA metagenome của vi sinh vật trong dạ cỏ dê bước đầu đã được thực hiện bằng cách sử dụng các phần mềm tin sinh học dựa trên số liệu các trình tự tương đồng với các loài đã được công bố trong ngân hàng gen 1 6 . Trong thực tế probe đã được sử dụng trong rất nhiều các nghiên cứu như nhận diện các bản sao hoặc sản phẩm RNA của gen các sinh vật có quan hệ gần gũi với đối tượng nghiên cứu nhằm tìm kiếm gen chức năng được bảo tồn qua tiến hoá tìm kiếm trình tự trọn vẹn của gen mã hoá cho protein trong genome 6 . Trong khuôn khổ bài báo này nhóm tác giả trình bày phương pháp để xây dựng probe đặc hiệu enzyme beta-glucosidase họ GH3 và sử dụng probe cho khai thác lựa chọn nhanh một số gen mã hóa beta-glucosidase thuộc
