Xây dựng các mô hình 2D-QSAR và sử dụng mô hình docking để khảo sát khả năng gắn kết của dẫn chất oxadiazol và pyrazol với telomerase. Từ đó dự đoán khả năng ức chế telomerase của các thuốc sẵn có trên thị trường và định hướng thiết kế tìm ra những chất mới có khả năng ức chế telomerase. | Nghiên cứu xây dựng mô hình docking và 2D-QSAR trên các dẫn chất ức chế Telomerase Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 2 * 2019 NGHIÊN CỨU XÂY DỰNG MÔ HÌNH DOCKING VÀ 2D-QSAR TRÊN CÁC DẪN CHẤT ỨC CHẾ TELOMERASE Lê Minh Trí*, Thái Khắc Minh* TÓMTẮT Mở đầu: Telomere là cấu trúc đặc thù gồm những trình tự lặp của các base nitơ để tạo thành mũ bảo vệ ở đầu mút nhiễm sắc thể (NST) của sinh vật nhân thực. Một đoạn Telomere bị mất đi trong mỗi lần nhân đôi DNA giúp bảo tồn bộ gen qua các lần phân bào. Telomerase là một enzym phiên mã ngược dùng để tổng hợp lại phần telomere bị mất đi trong quá trình phân bào. Hầu hết tế bào ung thư có lượng lớn telomerase giúp bảo tồn telomere trên NST dẫn đến khả năng phân chia vô hạn của tế bào, vì vậy telomerase hiện đang là một đích tác động đầy tiềm năng của các thuốc chống ung thư thế hệ mới. Mục tiêu: Xây dựng các mô hình 2D-QSAR và sử dụng mô hình docking để khảo sát khả năng gắn kết của dẫn chất oxadiazol và pyrazol với telomerase. Từ đó dự đoán khả năng ức chế telomerase của các thuốc sẵn có trên thị trường và định hướng thiết kế tìm ra những chất mới có khả năng ức chế telomerase. Đối tượng – Phương pháp nghiên cứu: Mô hình 2D-QSAR được xây dựng dựa trên thuật toán bình phương tối thiểu từng phần PLS (MOE), trên cơ sở dữ liệu gồm 41 dẫn xuất của oxadiazol và 48 chất dẫn xuất của pyrazol với giá trị IC50, nhằm dự đoán liên quan giữa cấu trúc và tác dụng sinh học. Mô hình docking sử dụng phần mềm FlexX/LeadIT để sàng lọc các cấu trúc có khả năng ức chế telomerase (pdb 3du6) trên cơ sở dữ liệu gồm 110 dẫn chất thuộc 3 nhóm cấu trúc khác nhau 1,3,4 – oxadiazol; pyrazol; flavonoid. Kết quả: Nghiên cứu đã xây dựng được mô hình 2D-QSAR từ 41 chất nhóm 1,3,4-oxadiazol và 48 chất nhóm pyrazol với cùng một phương pháp xác định IC50. Kết quả đã thu được 2 mô hình đều đạt yêu cầu và sai số giữa giá trị dự đoán và giá trị thực nghiệm thấp. Mô hình docking 3 nhóm dẫn .
