Bài viết Phân tích quỹ đạo mô phỏng động lực học phân tử và tính toán năng lượng tự do gắn kết cho cấu trúc phân tử nhỏ có hoạt tính ức chế BACE1 thực hiện mô phỏng động lực học phân tử và tính toán năng lượng tự do gắn kết cho các cấu trúc tiềm năng này với mục đích khảo sát độ ổn định của phức hợp protein phối tử trong thời gian 20 ns, từ đó dự đoán khả năng trở thành thuốc ức chế BACE1 trong điều trị bệnh Alzheimer. | Nghiên cứu Dược amp Thông tin thuốc 2022 Tập 13 Số 3 trang 37-43 BÀI NGHIÊN CỨU phân tích quỹ đạo mô phỏng động lực học phân tử và tính toán năng lượng tự do gắn kết cho cấu trúc phân tử nhỏ có hoạt tính ức chế Bace1 Trần Thị Thúy Nga1 Hoàng Tùng2 Nguyễn Kim Hưng2 Lâm Mạnh Hoàng1 Đặng Thị Mỹ Huệ1 Phạm Thu Hương1 Trần Quế Hương1 1 Khoa Dược Trường Đại học Kỹ thuật Y-Dược Đà Nẵng 2 Khoa Dược Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh Tác giả liên hệ tqhuong@ Ngày gửi đăng 09 3 2022 Ngày duyệt đăng 30 5 2022 SUMMARY Beta-site APP cleaving enzyme 1 BACE1 is a crucial aspartic protease that cleaves the amyloid precursor protein to generate the amyloid peptide that plays a vital role in Alzheimer s disease AD pathophysiologic and as thus it appears as a promising therapeutic target for AD treatment. However increase in recent AD cases and occurrence of various side effects of existing drugs leads to a dire need of discovering or identifying chemical compounds that can cease AD development. In continuance of the previous study that identified 14 potential small-molecule compounds inhibiting BACE1 by screening through 3D pharmacophore modeling molecular docking and protein-ligand interaction fingerprinting analysis these substances were subjected molecular dynamics MD simulation to determine the protein- ligand complex stability in 20 ns duration. Based on the RMSD RMSF values and high hydrogen bonds frequency of each ligand with the key residues of BACE1 four candidates were chosen to perform further investigation of the stability and binding potency through 50 ns MD simulation. In addition the calculation of free binding energies using the MM-PB SA method revealed the energetic results of these four substances were lt 1000 kJ mol. The final data confirmed that these four newly obtained compounds hit HTS0170 DB07007 DB07618 and MBX527804 and thereby may serve as the best binding affinity compounds as well as potential inhibitors for BACE1 in the treatment of .
